SPABBATS: A pathway-discovery method based on Boolean satisfiability that facilitates the characterization of suppressor mutants

BACKGROUND: Several computational methods exist to suggest rational genetic interventions that improve the productivity of industrial strains. Nonetheless, these methods are less effective to predict possible genetic responses of the strain after the intervention. This problem requires a better understanding of potential alternative metabolic and regulatory pathways able to counteract the targeted intervention. RESULTS: Here we present SPABBATS, an algorithm based on Boolean satisfiability (SAT) that computes alternative metabolic pathways between input and output species in a reconstructed network. The pathways can be constructed iteratively in order of increasing complexity. SPABBATS allows the accumulation of intermediates in the pathways, which permits discovering pathways missed by most traditional pathway analysis methods. In addition, we provide a proof of concept experiment for the validity of the algorithm. We deleted the genes for the glutamate dehydrogenases of the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis and isolated suppressor mutant strains able to grow on glutamate as single carbon source. Our SAT approach proposed candidate alternative pathways which were decisive to pinpoint the exact mutation of the suppressor strain. CONCLUSIONS: SPABBATS is the first application of SAT techniques to metabolic problems. It is particularly useful for the characterization of metabolic suppressor mutants and can be used in a synthetic biology setting to design new pathways with specific input-output requirements

Implementación de un sistema de telemetría de bajo costo para medición de presiones plantares

Se implementó un prototipo de comunicación inalámbrica para medición de presiones plantares, empleando un protocolo de comunicación unidireccional y utilizando un microcontrolador y módulos de transmisión y recepción de radiofrecuencia (RF) de bajo costo fabricados por la empresa Linx Technologies (Merlín, Oregon, USA). Se presenta la forma utilizada para detección de errores, codificación y sincronización. La transmisión de datos se realizó a 5 Kbps en las frecuencias disponibles de 315 y 433 MHz. Las frecuencias empleadas para la transmisión y recepción de la señal RF no presentaron niveles de interferencia superiores al umbral de ruido. La transmisión inalámbrica evita el uso de cables y proporciona más comodidad de uso del sistema de medición por un paciente. Detalles de la caracterización de los sensores y del diseño y la implementación del sistema de medición se han reportado previamente./ A prototype of wireless communication for the measurement of plantar pressures was implemented by employing a one-way communications protocol and by using a microcontroller and low cost modules for RF transmission and reception from the company Linx Technologies (Merlín, Oregon, USA). The method for error detection, codification and synchronization is presented. Data transmission was carried out at 5 Kbps in the available frequencies of 315 and 433 MHz. The employed frequencies for the transmission and reception of the RF signal did not present significant interference above noise level. The wireless communication avoids the use of cables and provides more comfort in the use of the measurement system by a patient. Details of sensor characterization and the design and implementation of the measurement system have been reported previously

Miocardiopatía periparto

La miocardiopatía periparto no es una patología frecuente; sin embargo, presenta una alta tasa de mortalidad, elevándose aún más cuando el diagnóstico y el tratamiento no se realizan en forma temprana1,2. Las primeras descripciones de la entidad se realizaron alrededor de la década de 1870, cuando Virchow y Porack describieron un proceso de degeneración miocárdica en pacientes quienes fallecieron en el período postparto. Sin embargo, no fue sino hasta el año 19373 cuando se describe que la causa de la falla cardíaca en las pacientes con estas características se debía a una cardiopatía dilatada, diferente de la cardiopatía generada por el estrés del embarazo. Desde ese momento, se reconoce a la miocardiopatía periparto como una entidad distinta del resto de las cardiomiopatías. El propósito de esta revisión es principalmente realizar una descripción de los mecanismos involucrados en la fisiopatología, las manifestaciones clínicas, el diagnóstico y el tratamiento de la enfermedad

Sedation and analgesia recommendations for non-anesthesiologist physicians and dentists in patients over 12 years old

Las complicaciones relacionadas con la sedación son, en su enorme mayoría, prevenibles. El presente documento establece unas recomendaciones para que los no anestesiólogos puedan realizar sedaciones nivel I y II con un buen nivel de seguridad. Sus aspectos más importantes son: administración de la sedación por una persona diferente del operador; recomendaciones en cuanto a la capacitación, la monitorización, el uso de un solo medicamento para la sedación y la disponibilidad de medicamentos y equipos de respaldo; la necesidad de realizar una evaluación previa a la sedación, así como el consentimiento informado y el registro durante el procedimiento; y recomendaciones para considerar un bajo umbral con el fin de solicitar el apoyo de un anestesiólogo.Q4Most of the complications related to sedation are preventable. This document defines some recommendations for non-anesthesiologists so that they can provide sedation level I and II with adequate safety. The most important recommendations are: that the sedation be provided by someone different from the person who performs the surgical procedure; designation of the training and monitoring of thje person who sedates; the use of only one medication for sedation, and the availability of medications and equipment to manage complications; the mandatory need of an assessment prior to the sedation, as well as informed consent and record of events during the procedure; and the recommendation of having a low threshold to request the support of an anesthesiologist.https://orcid.org/0000-0002-5986-0350https://orcid.org/0000-0001-6109-7991https://orcid.org/0000-0002-9219-4548https://orcid.org/0000-0002-4916-751XRevista Nacional - Indexad

Reorganizing the Intrinsic Functional Architecture of the Human Primary Motor Cortex during Rest with Non-Invasive Cortical Stimulation

The primary motor cortex (M1) is the main effector structure implicated in the generation of voluntary movements and is directly involved in motor learning. The intrinsic horizontal neuronal connections of M1 exhibit short-term and long-term plasticity, which is a strong substrate for learning-related map reorganization. Transcranial direct current stimulation (tDCS) applied for few minutes over M1 has been shown to induce relatively long-lasting plastic alterations and to modulate motor performance. Here we test the hypothesis that the relatively long-lasting synaptic modification induced by tDCS over M1 results in the alteration of associations among populations of M1 neurons which may be reflected in changes of its functional architecture. fMRI resting-state datasets were acquired immediately before and after 10 minutes of tDCS during rest, with the anode/cathode placed over the left M1. For each functional dataset, grey-matter voxels belonging to Brodmann area 4 (BA4) were labelled and afterwards BA4 voxel-based synchronization matrices were calculated and thresholded to construct undirected graphs. Nodal network parameters which characterize the architecture of functional networks (connectivity degree, clustering coefficient and characteristic path-length) were computed, transformed to volume maps and compared before and after stimulation. At the dorsolateral-BA4 region cathodal tDCS boosted local connectedness, while anodal-tDCS enhanced long distance functional communication within M1. Additionally, the more efficient the functional architecture of M1 was at baseline, the more efficient the tDCS-induced functional modulations were. In summary, we show here that it is possible to non-invasively reorganize the intrinsic functional architecture of M1, and to image such alterations

¿Qué pasó después del cierre de los hospitales de día de psiquiatría para niños y adolescentes?

Antecedentes.     y adolescentes. La gran mayoría fueron cerrados a finales del año 2009. Esta población, asumió la búsqueda de atención para sus hijos, sometiéndose a múltiples recorridos administrativos y jurídicos para poder recibir una atención en salud mental. Objetivos.     Material y métodos.     turadaentre abril y junio del 2011 para identificar los pasos que han seguido para acceder a los servicios de salud mental. Resultado.     De 160 pacientes se pudieron contactar a 24pacientes vía telefónica, sólo asistieron a la entrevista 8. Las madres referían que todos habían mejorado y estaban muy satisfechas con el tratamiento. Actualmente cinco estaban peor y se evidenciaron importantes barreras para el acceso a consulta especializada. Conclusiones.     Se obtuvo una base de datos de 160pacientes de un hospital de día de niños y adolescentes del año 2007. Por medio de una entrevista telefónica, se explicaba el objetivo del estudio y se citaban a una entrevista semiestruc   Describir qué sucedió con los niños y adolescentesque asistían a los hospitales de día, cómo se encuentran ahora y los trámites que han seguido para acceder a los servicios de salud mental. En Colombia, algunos hospitales públicosofrecían el servicio de hospital de día de psiquiatría para niño

Global network metrics.

<p>Shown are the results of the global network parameters that were calculated in the present study (mean connectivity degree (<i>K</i>) and the small-world parameters gamma, lambda and sigma <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0030971#pone.0030971-Sporns2" target="_blank">[32]</a>) calculated at each threshold T (0.25–0.35 in increasing steps of 0.002) before and after each Sham (A), Cathodal (B) and Anodal (C) tDCS. The second row - second column of each panel show that the approximate number of nodes (M1 voxels) of each undirected graph was ∼470. As expected, the mean connectivity degree monotonically decreases as <i>T</i> increases. M1 has salient small-world properties i.e. <i>lambda≈1</i>, <i>gamma≫1</i>, thus <i>sigma≫1 </i><a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0030971#pone.0030971-Sporns2" target="_blank">[32]</a>, <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0030971#pone.0030971-Achard1" target="_blank">[41]</a>. No significant differences were observed for any of the network metrics before and after each of the tDCS sessions (P>0.05 paired two-tailed t-tests). Error bars represent the s.e.m.</p

¿qué pasó después del cierre de los hospitales de día de psiquiatría para niños y adolescentes?

Antecedentes.  y adolescentes. La gran mayoría fueron cerrados a finales delaño 2009. Esta población, asumió la búsqueda de atención parasus hijos, sometiéndose a múltiples recorridos administrativosy jurídicos para poder recibir una atención en salud mental.Objetivos.  Material y métodos.  turadaentre abril y junio del 2011 para identificar los pasosque han seguido para acceder a los servicios de salud mental.Resultado.  De 160 pacientes se pudieron contactar a 24pacientes vía telefónica, sólo asistieron a la entrevista 8. Lasmadres referían que todos habían mejorado y estaban muysatisfechas con el tratamiento. Actualmente cinco estabanpeor y se evidenciaron importantes barreras para el acceso aconsulta especializada. Conclusiones.  Se obtuvo una base de datos de 160pacientes de un hospital de día de niños y adolescentes del año2007. Por medio de una entrevista telefónica, se explicaba elobjetivo del estudio y se citaban a una entrevista semiestruc Describir qué sucedió con los niños y adolescentesque asistían a los hospitales de día, cómo se encuentran ahoray los trámites que han seguido para acceder a los serviciosde salud mental.En Colombia, algunos hospitales públicosofrecían el servicio de hospital de día de psiquiatría para niño

Graph parameter statistics at the BA4 cortical surface.

<p>(A) Shown is the flattening of the left BA4 (green labelled region) obtained from the left hemisphere surface average subject, which was used to project the statistical maps. Panels B to D show the ANOVA for the interaction effects (time*stimulation) Montecarlo cluster corrected at p<0.05 for the nodal connectivity degree maps (B), clustering coefficient maps (C) and the characteristic path length maps (D). Panels E to H show post hoc paired t-tests for the following contrasts: (E) After_Cathodal – After_Sham in the clustering coefficient maps; (F) After_Anodal – Before_Anodal in the clustering coefficient maps; (G) After_Anodal – After Sham in the characteristic path length maps; (H) After_Anodal – Before_Anodal in the characteristic path length maps. Notice that the <i>L</i> maps were <i>L_rand/Li</i> normalized, which means that the values of <i>L</i> in the significant cluster are lower after stimulation (see <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0030971#s2" target="_blank">methods</a> section).</p

BA4 labelling and registration to the functional space.

<p>An example of the quality of the cortical segmentation and labelling of BA4 is depicted, which was performed with Freesurfer in one of the participants. Panels <b>A</b> and <b>B</b> show the BA4 label over the pial and inflated brain surface respectively. Panel <b>C</b> shows the left BA4 label registered in the original T1 image. The red line shows the portion of the cortical segmentation performed by Freesurfer that corresponds to the left BA4 label (in this image left is right). Notice the tDCS electrode over the scalp of the subject is positioned over the central sulcus. Panel <b>D</b> shows the registration of the cortical segmentation and BA4 label in the native functional space of the same subject (first row: first 14 images of the native functional space. Second row: cortical segmentation registered from Freesurfer to the native functional space was overlapped. Third row: BA4 label (red) registered from Freesurfer space to the native functional space). For visualization purposes, we show the approximate location of the tDCS electrode over left BA4 in <a href="http://www.plosone.org/article/info:doi/10.1371/journal.pone.0030971#pone.0030971.s001" target="_blank">figure S1</a>.</p